En la etapa de Bachillerato, de acuerdo con el Ideario y el Proyecto Educativo de la Fundación, la meta es formar jóvenes que sean trabajadores, responsables, competentes, honrados, cultos, y que además, tengan como valores esenciales la solidaridad, el pacifismo, el respeto, la tolerancia, la austeridad, la libertad, la democracia, el compromiso social, el espíritu crítico y el compañerismo. Aunque todos los principios anteriores se vienen fomentando desde los primeros niveles educativos, la etapa del Bachillerato se perfila, sin duda, como el momento de consolidarlos.
A lo largo de dicha etapa, los Profesores y Tutores están presentes en la formación, pero no llevan de la mano a los estudiantes, sino que les enseñan y animan a que sean ellos mismos los que vayan resolviendo sus problemas.
El título de Bachiller faculta para el acceso a los estudios universitarios, previa superación de una prueba que valora la madurez académica de los alumnos, las calificaciones obtenidas en el Bachillerato y los conocimientos adquiridos a lo largo del ciclo.
Partiendo de la premisa que la meta del curso no es la Prueba de Acceso, sino afrontar con éxito la incorporación a la vida universitaria, durante el Bachillerato los alumnos aprenden a estudiar de forma más autónoma, a presentar mejor sus trabajos, a expresarse con más orden y claridad, así como a profundizar en los conocimientos y en las herramientas de investigación científica.
Los alumnos de ESO y Bachillerato también realizan actividades complementarias para su formación, dentro y fuera del Colegio. Además, los últimos reciben un amplio ciclo de charlas de orientación universitaria.