Para cubrir las necesidades de la experimentación científica, el Colegio dispone de tres laboratorios que cumplen una doble función: por un lado, en ellos se realizan las prácticas correspondientes a las asignaturas de Física, Química, Ciencias Naturales y Técnicas de Laboratorio; por otro lado, son el marco de dos exposiciones permanentes: una de aparatos de medición datados en los siglos XVIII y XIX y otra de animales disecados de Europa, Asia, África y América del Sur.

En el presente curso y, con motivo de la celebración del "Año Internacional de la Ciencia", se celebrará la "Semana 100CIA CEU"; se realizarán en los laboratorios dos exposiciones temporales y diversas actividades científicas encaminadas a que los alumnos participen de las experiencias que los científicos han realizado a través de la historia.